程慈航(乔振宇 饰)找到了莫采石(巫刚 饰)藏在办公室的铁匣子，知道五九档案一开始就是莫采石策划的骗局，所有知道五九档案秘密的人都知道意味着什么，战争狂人眼里它是世界上最先进的生化武器，但是在程慈航的眼里，是日本侵略者残害中国同胞的所有证据，莫采石精心策划这么一个骗局，从最开始中央博物院失窃案经手此事的肖主任被杀，最后五九档案流落江湖，五九档案事件一天不破，美国人就得不到资料，他们委员长手里就多了一张和国际谈判的砝码。 一开始莫采石就不想程慈航接这个案子，不想他知道这个可怕的真相，但他是军人，服从命令是天职，准备用五九档案作为条件，争取一笔可观的军事援助，程慈航知道莫采石的这个铁匣子也是假的，因为他明白莫采石的委员长不可能将那么重要的东西放在他手中。小野跟中田(任大为 饰)汇报程慈航和锦线勾结上了，中田交代小野盯住程慈航，做好准备，随时行动。 程慈航打开铁匣子，虽说里面的资料是日文，但他知道并不是日本五一一部队生化武器的资料，因为他身上有份真的，是当初小玉给他的。莫采石这才想起，一九四五年九月九日上午，他将日军五一一部队生化武器资料放在中央博物院的库房，下午委员长侍从室的唐主任就带着委座的委谕执行命令，在他去之前委员长就调包了。 程慈航告知真的五九档案在藏金阁里，不过必须要有两样东西，委员长的手谕和中正剑，而此次抱定了赴死的决心，夺回五九档案。莫采石一直为拥有中正剑骄傲，说过剑在人在，但现在他要食言了，将中正剑交给程慈航，而他唯一的期望就是无论发生什么事，程慈航都能活下来。哈金斯跑来兴师问罪，他国已经答应交易，莫采石为何中止交易，此时莫采石派人将哈金斯抓起来，随后自杀了。 霍然(屈刚 饰)接到电话得知程慈航拿着中正剑去了藏金阁，霍蜜儿(郭晓婷 饰)知道只要霍然前去，程慈航就会有危险，于是将霍然锁住，只身去了藏金阁。程慈航带着中正剑和委员长的手谕去了藏经楼，拿出了五九档案，并在树林里跟锦线汇合，随后赶来的霍蜜儿发现埋伏在一旁的中田他们，赶紧开枪示警，一阵火拼后，中田追逐拿着铁匣子的程慈航，霍蜜儿为了程慈航被中田杀害，程慈航愤怒亲手杀了中田。 一九四六年五月三日，远东国际军事法庭正式开庭，五九档案作为其中不可或缺的有力证据揭露了日本军国主义对外战争下犯下的滔天罪行并得到应有惩罚，这是一次世界人民对日本法西斯的正义审判，伸张了和平与正义。。。